Kapadokya, Osmanlı yönetiminin ilk yıllarını barış içinde ve sessiz bir biçimde yaşamış. Bu durum, Kanuni Sultan Süleyman'ın tahta çıktığı zaman, hazine gelirlerini artırmak için yaptırdığı yeni bir arazi tahririne kadar sürmüş.
İl yazıcılarının bir kısmı arazi ölçümlerini ve ürün miktarını fazla göstererek vergi miktarını artırınca bazı dirlik sahiplerinin toprağı elinden alınmış ve bu durum halk ile asker arasında huzursuzluğa neden olmuş. Ayrıca 1582'den itibaren başlayan İran seferleri tımar düzenini bozmuş, dirlik sahiplerinin isyanına neden olmuştur. Celali isyanları olarak bilinen ve dirlik sahiplerinin ailelerini ve topraklarını bırakıp savaşa gitmeyi reddetmeleriyle alevlenen bu isyanlar Kapadokya'da da etkili olmuş.
Osmanlı döneminin ilk yıllarından XVII. yüzyıla kadar Kapadokya bölgesinin en önemli merkezi Ürgüp olmuştur. Kaynaklar 1530'da Ürgüp'ün 6 mahalleden oluşan ve 213'ü Müslüman, 35'i diğer dini ve etnik tebadan toplam 248 haneye sahip bir kasaba olduğunu söylemektedir. XVII. yüzyıla kadar Nevşehir, eski adı Nissa olan Muşkara Köyü olarak bilinir. Burası Niğde'ye bağlı Ürgüp kasabasının 18 hanelik bir köyüdür.
Muşkara'nın (Nevşehir) iskan durumunun XVI. yüzyıldan XVIII. yüzyıla pek fazla bir değişiklik göstermediği gözlemlenmekte. Ancak, Damat İbrahim Paşa'nın Osmanlı Sadrazamı olmasıyla bölgede önemli bir canlanma ve yenilenme yaşanmıştır. Lale Devri'nin önemli sadrazamlarından Damat İbrahim Paşa, Muşkara'da bu döneme yakışır yenilikler uygulamış. Örneğin, Muşkara'yı mimari yapılarla donatmış, imar ve iskanını tamamlamış ve Niğde Sancağı'na bağlı bir kaza haline getirdikten sonra adını Nevşehir olarak değiştirmiş.
Bugünkü Gülşehir'in kurucusu ise Karavezir lakabıyla bilinen Silahtar Mehmet Paşa'dır. Eski adı Arapsun olan Gülşehir, 1584'te Uçhisar nahiyesine bağlı 30 hanelik bir köydür. Halkının tümü Müslüman'dır. Silahtar Mehmet Paşa, burada bir cami ve bir medrese yaptırmış, kasaba nüfusunun artmasını sağlamış ve ardından Arapsun adını Gülşehir olarak değiştirmiştir. Osmanlı Devleti'nin 1840 yılındaki resmi kayıtları Nevşehir ve Ürgüp'ün Niğde Muhassıllığı'na bağlı olduğunu göstermekte. 1847'deki idari yapılanmada Nevşehir Konya eyaletine bağlı livalardan biri haline getirilmiştir. 1849 kayıtlarından sancak merkezinin Niğde'ye taşınmasından söz edilmekte. 1867 Vilayet Nizamnamesi'ne göre Nevşehir Livası kazaya dönüştürülerek Konya Vilayeti'nin Niğde Sancağı'na bağlanmıştır. Bu dönemde Niğde Sancağı'nın Nevşehir, Ürgüp, Aksaray, Kırşehir ve Yahyalı olmak üzere beş kazası bulunmaktadır. Kısaca idari hiyerarşi şu şekildedir: Konya Eyaleti, Niğde Sancağı, Nevşehir ve Ürgüp kazaları ve bunların köyleri. Nevşehir'in idari statüsü, 1867'den 1918'e kadar değişmemiştir. Buna karşın, 1896 yılında Arapsun (Gülşehir) Niğde Sancağı'na bağlı bir kaza haline getirilmiştir. Avanos, bu yüzyılda Ankara Vilayeti'nin Kırşehir Sancağı'na bağlı bir kaza, Hacıbektaş ise yine aynı vilayete ve sancağa bağlı olan bir nahiye durumunda.
