Zaman zaman balık ölümleri ile, zaman zaman Gülşehir ilçesinde inşa edilen Hidro Elektrik Santralinden kaynaklı olduğu ifade edilen su taşkınları ile gündemdeki yerini koruyan Kızılırmak’ta yaşanan sorunlar çözülmek yerine adeta sorun yumağı haline gelmiş durumda.
Geçtiğimiz yıllarda Gülşehir ve Avanos ilçelerinde aşırı sineklenmeye de neden olan olumsuzlukların ardından sık sık barajdaki su tutmaları nedeniyle yaşanan ırmaktaki yosun oranı da artmış durumda. Bazı belediyelerin kanalizasyon atıklarını bile boşalttıkları Kızılırmağın temizlenebilmesi içinde şu ana kadar ciddi bir çalışma ortaya konulabilmiş değil.